Columbus cuenta actualmente con 48 instituciones miembros, 41 en América Latina y 7 en Europa.
Estas Universidades están comprometidas con el desarrollo del Programa de Columbus, participan en sus políticas de orientación y contribuyen a su financiación a través del pago anual de una cuota de miembro.
Las universidades miembros se caracterizan por la prioridad que dan al desarrollo institucional y al rol de la cooperación internacional en el marco de su estrategia global.
Cada dos años, los miembros de Columbus se reúnen en una Asamblea General con el objetivo de discutir sobre la orientación del Programa y proponer una lista de candidatos para la Junta Directiva.